Увеличение изображений и измерение объектов с помощью микроскопа востребовано в различных сферах жизни и деятельности человека. В зависимости от задач, применяются приборы с определенными разрешающими характеристиками. Микроскопы, благодаря универсальной последовательной шине (USB), могут быть подключены к вычислительной технике (компьютеру), что в значительной степени расширяет функционал устройства и позволяет повысить эффективность его использования. Широкий спектр устройств с компьютерным USB-подключением полезен для съемки цифровых изображений, просмотра и видеозаписи живых объектов.

Металлургические электронные микроскопы способствуют изучению объектов с полированной поверхностью, например, металлов. Они отличается от других микроскопов и предназначены для исследования металлов и сплавов, а точнее применяются в металлографии. С их помощью происходит изучение объектов через физическую структуру и свойства материалов. Микроскопический анализ, используемый в процессах травления, полировки, шлифовки объекта, показывает микроструктуру материала, позволяет определять (на основании результатов металлографического анализа) свойства и условия обработки образцов металла или сплава.

Студенческий микроскоп применяется в процессе обучения, начиная с младших классов, затем в средней и высшей школе. Данный тип оборудования предназначен для преподавателей и студентов в образовательной среде, где не требуется одновременного просмотра несколькими пользователями. Преподаватель имеет возможность просмотреть и выбрать отдельные части образца, а обучающиеся также имеют возможность просмотра того же образца под микроскопом. Не следует также недооценивать роль игрушечного микроскопа в когнитивном развитии ребенка и при проведении игривой формы обучения.

Измерительные микроскопы необходимы для измерения очень маленьких объектов и сложных деталей. Условиями их использования являются соответствие требуемой точности измерения в заданном диапазоне. Анатомический микроскоп (иногда называют стереомикроскопом или стереоскопом) используется в научных лабораториях, где производится, в рамках проведения научных исследований, вскрытие животных особей. Стереомикроскоп позволяет изучать объекты, имеющие объемную форму. В медицине с помощью высокоточных устройств изучают паразитов и бактерий в крови, кале и моче. Они также могут быть использованы в клиниках фертильности спермы для проверки подвижности и морфологии сперматозоидов.

Геммологическим микроскопом пользуются геммологи, так как это подходящий инструмент, позволяющий просматривать поверхность драгоценных камней, а также структуру прозрачных и полупрозрачных камней, таких как алмазы и рубины. Помимо этого, цифровой usb микроскоп может быть использован нумизматами или коллекционерами, для исследования природы элементов собираемых ими предметов, ювелирами при работе с драгоценными камнями, энтомологами для изучения, классификации и идентификации насекомых или выявления ботанических образцов. Это не полный перечень сфер применения микроскопов.